黑豆含有大豆蛋白以及花青素，營養價值高，更是保持青春、烏黑秀髮的好選擇。東石合作農場以有機方式種植台南3號青仁黑豆，不使用農藥、化肥、除草劑，採人工選豆。青仁黑豆的較其它品種黑豆香氣足夠，適合打成黑豆漿、黑豆牛奶，成為營養滿點的早餐。

東石合作農場早期專門製作有機肥料，廠長余仁仲先生透過進修農業課程，瞭解到農藥及化肥的濫用，會對農民、食用者、土地造成的傷害，於是他跟農改場合作建置農場，承租2公頃多的農地種植有機水稻及有機青仁黑豆，希望以身作則，宣導友善環境農業。採水稻、雜糧水旱輪作，黑豆的根瘤固定空氣中的氮於土壤，成為水稻的養份 ; 稻殻落入土壤變成有機質，成為黑豆的天然肥料，而水淹過的土地，雜草情形也能夠被控制，輪作所形成的良好循環，大大省去人為的控管。

「作物不只是為了人類本身，而是生活在這塊土地上的生物一同共享」他們對於蟲害非趕盡殺絕，而是讓周遭的青蛙，昆蟲及鳥類協力幫忙，維持完整的生態系 ; 認為小草能與黑豆共生保水，僅將高過於黑豆的草使用中耕機除草或人工拔草，雖然蟲害與雜草可能影響收成，也不想為此使用任何藥劑。東石合作農場期許自身能成為週遭農民的榜樣，進而影響更多農民一同轉型耕作。